Eu tenho o mesmo notebook e, quanto a mim, a aceleração 2d / 3d está funcionando sem problemas com o xubuntu 16.04. Eu experimentei muito atraso com o Firefox, e falhas visuais com cromo, mas depois de uma mudança de método de aceleração de SNA para UXA, o cromo parece ser bom. (SNA é o padrão neste caso, sem um arquivo de configuração).
Edite (ou crie) /etc/X11/xorg.conf da seguinte forma: (ugh, não pode formatar, deve ser uma tabulação antes de cada linha, exceto a primeira e a última).
Section "Device"
Identifier "Intel Graphics"
Driver "intel"
Option "AccelMethod" "uxa"
EndSection
Reinicie o GDM / XDM / LightDM / etc. e espero pelo melhor! :)