Sinto muito, mas parece que foi meu erro.
Eu tenho algumas montagens CIFS no fstab, portanto, se o servidor CIFS estiver inativo, ele afetará o nautilus e não exibirá dispositivos locais, mesmo unidades locais não montadas e pen drives USB conectados após a inicialização.
Estas são as linhas da minha montagem CIFS no fstab
//localserver/storage /media/storage cifs x-systemd.automount,_netdev,credentials=/etc/samba/credentials,uid=martin,gid=martin,iocharset=utf8,file_mode=0644,dir_mode=0755 0 0
//localserver/server /media/server cifs x-systemd.automount,_netdev,credentials=/etc/samba/credentials,uid=martin,gid=martin,iocharset=utf8,file_mode=0644,dir_mode=0755 0 0
Eu acho que x-systemd.automount está mexendo com o autofs ou algo assim, evitando exibir as outras unidades conectadas se o servidor CIFS estiver inativo.