Se você estiver configurando novas partições na nova unidade, também poderá usar partições criptografadas com cryptsetup / LUKS.
eCryptfs e EncFS são para criptografar algumas pastas em um sistema de arquivos, o LUKS é para criptografar uma partição inteira. Veja archwiki para uma boa visão geral dos diferentes sistemas de criptografia de disco .
Com a (s) nova (s) partição (ões) criptografada (s), você poderá usar qualquer tipo de link ou apenas um atalho para as novas partições criptografadas, e quaisquer dados em qualquer lugar nas novas partições serão criptografados. Você pode até ter as novas partições montadas automaticamente quando você faz o login (armazenando as chaves em sua casa criptografada) ou montando na inicialização, ou sob demanda.
Não se preocupe em misturar arquivos criptografados vinculados e confiar apenas no eCryptfs para transportar a criptografia para uma unidade diferente (o que provavelmente não será criptografado se você vincular as pastas descriptografadas de qualquer maneira), isso soa como um vazamento de dados esperando acontecer.