Eu tinha um Aspire 5720Z e sofri exatamente o mesmo problema.
Na verdade, eu estava inicializando duas vezes com o Vista, portanto, aplicar a atualização do BIOS não foi um problema para mim.
Para você, porém, você deve tentar executar a atualização EXE dentro do Windows PE . Não te levará a lugar nenhum, mas vale a pena tentar.
Aviso: É possível (não provável) que fazer isso ^^^ poderia brick a placa-mãe. Claro, qualquer flash da BIOS, independentemente do método, carrega esse risco.
Naturalmente, sua outra opção é a inicialização dupla com o Windows ...