Você pode apenas montá-lo manualmente, primeiro desmontar o cartão SD se já estiver montado umount /dev/sdXy onde X a ordem em que o cartão SD foi montado e y é o número da partição. Em seguida, você pode excluir todas as pastas dentro desse diretório do usuário, rm -rf user && mkdir user/SDCARD . Depois, monte-o lá, mount /dev/sdXy /media/user/SDCARD . Tada feito.
Não sei por que isso acontece.
Felicidades