Se você não precisa do software "oficial" Cisco AnyConnect VPN, eu recomendo instalar o pacote "network-manager-openconnect-gnome" no Repositório do Ubuntu. Ele usa o OpenConnect, que é um cliente de código aberto para o AnyConnect.
De qualquer forma, esse pacote permite que você configure e gerencie suas conexões AnyConnect VPN através do gerenciador de rede normal.
Eu tenho usado isso para se conectar ao meu trabalho VPN nos últimos meses e tem funcionado muito bem!
Você pode encontrar o pacote no Ubuntu Software Center ou Synaptic procurando por "OpenConnect".
Se você deseja instalá-lo através da linha de comando, você pode fazê-lo com:
sudo apt-get install network-manager-openconnect-gnome
Isso adiciona uma opção às Conexões de Rede. Quando você optar por adicionar uma conexão, haverá uma nova opção em Conexões VPN para adicionar uma "VPN compatível com Cisco AnyConnect (openconnect)". Você pode então conectar-se à VPN através do applet de redes (na bandeja do sistema).