Parece que depois de mexer com isso por um tempo, o hardware feito não afeta muito as coisas em termos de particionamento. Se você criar uma nova partição no Windows, pelo menos, ao contrário das partições de sistema padrão, ela não aparecerá duplicada no instalador do Linux. Agora, dependendo da distribuição que você usa, parece que precisa de certos pacotes para que o Linux use corretamente a partição raid. Estes geralmente são instalados automaticamente e você nunca precisa se preocupar com eles, mas algumas distribuições, KDE Neon no meu caso, tentam removê-los automaticamente.