Exceto para aplicativos pagos, como tachyons tem apontado (que pode ser instalado e desinstalado com apt-get mas somente uma vez adquirido no Centro de Software), o Centro de Software é basicamente um front-end para o vários comandos apt- - não apenas apt-get . Por exemplo, o Centro de Software também procurará pacotes e permitirá que você edite suas Fontes de Software.
A principal distinção prática entre os dois é que o Centro de Software buscará automaticamente informações sobre quais pacotes estão disponíveis a partir de onde e em quais versões. Por outro lado, ao instalar ou atualizar o software com apt-get , você deve executar sudo apt-get update primeiro, se não tiver feito isso recentemente. sudo apt-get install ... não (nunca) fará com que sudo apt-get update seja executado automaticamente (embora possa ser executado automaticamente até uma vez por dia como parte de atualizações automáticas no sistema).