Oh, desculpe pelo que eu fiz de outra maneira. Agora eu entendi o seu problema. Graying out janela sem resposta é um recurso inerente com a opção, que você pode desativar. Ele vem para o compiz, que funcionou para mim com o seguinte ajuste:
Vá para System -> Preferences -> CompizConfig Settings Manager -> Effects -> Fading Windows
e, em seguida, apenas para a opção Dim Unresponsive Window
e você pode definir a opção conforme sua necessidade.
Mais alterações sobre o compiz podem ser encontradas aqui . Não tenho certeza sobre o gnome.