Primeiro de tudo você precisa do caminho absoluto para comandar, no meu caso:
/usr/local/bin/stockfish
Diretório eu apenas apertei o botão à direita daquele ponto para scid em seu diretório home:
~/.scid
Observe que, se você tiver feito etapas na página do estoque , a etapa final é:
./ stockfish
Mas, para usá-lo, fiz mais um passo:
sudo make install
Isto dá o diretório de saída.