Obtendo erro para falha de alocação de memória?

Question

Estou recebendo uma mensagem de erro da seguinte forma:

pauling@ubuntu:~$ cd /home/pauling/1ionicity/dMBAmmAc
pauling@ubuntu:~/1ionicity/dMBAmmAc$ ./xmvb dMBAmmAcdbovb.xmi
Operating system error: Cannot allocate memory
Allocation would exceed memory limit
pauling@ubuntu:~/1ionicity/dMBAmmAc$ 

Anteriormente, um dia atrás, não houve problema em executar um programa semelhante com um arquivo de entrada de carga de trabalho semelhante.

Quando eu verifiquei a saída do monitor do sistema, ele mostra que cerca de 1,2 GiB de memória está ocupado, mesmo se o sistema estiver ocioso. Eu suspeito que seja um caso de vazamento de memória, mas não consigo resolver o problema. para sua referência, acrescentei algumas saídas para verificar isso. O total de RAM instalado no meu PC é de 12 GB e o SO é o Ubuntu 14.04.

pauling@ubuntu:~$ ps --sort -rss -eo rss,pid,command | head
  RSS   PID COMMAND
319344 2242 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/zeitgeist-fts
316468 5383 /usr/lib/firefox/firefox
239448 2029 compiz
183664 2083 nautilus -n
95164  6091 /usr/bin/python3 /usr/sbin/aptd
64956  2430 /usr/bin/python3 /usr/bin/update-manager --no-update --no-focus-on-map
60368  1345 /usr/bin/X -core :0 -seat seat0 -auth /var/run/lightdm/root/:0 -nolisten tcp vt7 -novtswitch
41296  2043 /usr/lib/evolution/evolution-calendar-factory
36204  1831 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hud/hud-service
pauling@ubuntu:~$ free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         11981       8249       3731         14         27       6513
-/+ buffers/cache:       1709      10272
Swap:            0          0          0

pauling@ubuntu:~$ df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            5.9G  4.0K  5.9G   1% /dev
tmpfs           1.2G  1.3M  1.2G   1% /run
/dev/sda3       290G  103G  173G  38% /
none            4.0K     0  4.0K   0% /sys/fs/cgroup
none            5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
none            5.9G  156K  5.9G   1% /run/shm
none            100M   40K  100M   1% /run/user
/dev/sda7       226G  128G   87G  60% /media/pauling/Faraday
/dev/sda5       321G  1.2G  304G   1% /media/pauling/McWeeny
/dev/sda6        33G   48M   31G   1% /media/pauling/b51f7cd1-5937-4474-8929-f51e68c5a791
/dev/sda2        49G   39G   11G  80% /media/pauling/F666864866860997