O driver de som intel-hda é usado para várias implementações diferentes de diferentes fabricantes. Eles nem sempre conectam os pinos no chip da mesma maneira. Isso soa como o seu problema e, para resolvê-lo, você precisará encontrar as opções do módulo para configurá-lo.
Aqui está uma lista dos modelos atualmente suportados
http://git.alsa-project.org/?p=alsa-kernel.git;a=blob;f=Documentation/sound/alsa/HD-Audio-Models.txt;hb=HEAD
para alterar o modelo dos usuários do driver intel-hda editando a linha de opções para isso em /etc/modprobe.d/alsa-base.conf
options snd-hda-intel model=
Alternativamente, você pode usar o hda-jack-retask para reatribuir as portas como discutido aqui
http://voices.canonical.com/david.henningsson/2011/11/29/turn-your-mic-jack-into-a-headphone-jack/
Aqui está um guia para usá-los
http://www.alsa-project.org/main/index.php/Help_To_Debug_Intel_HDA