Basicamente, quando você exclui um arquivo ("esvazia a lixeira"), a entrada de índice para o arquivo é excluída, mas as informações do arquivo não são apagadas do disco. Como explicado nesta página wiki do Ubuntu :
Isso ocorre porque, nos sistemas de arquivos Unix, os arquivos são indexados por um número, chamado de inode, e cada inode tem vários atributos associados com ele, como permissões, nome, etc. Quando você apaga um arquivo, o que realmente acontece é o inode é desvinculado do nome do arquivo, mas se algum outro programa está usando o arquivo, ele ainda tem um link aberto para o sistema operacional, e continuará a ser atualizado. Um arquivo não é realmente excluído até todos os links foram removidos (mesmo assim, os dados ainda estão no disco, mas não indexado de qualquer maneira e, portanto, muito difícil de recuperar).