Eu tive um problema semelhante ao tentar recarregar meus arquivos Documentos, Imagens e Vídeos. Salvei meu backup em 16Gbyte USB stick sob 14.04 LTS. De alguma forma, a pasta que eu coloquei o backup foi colocado em um diretório diferente no pen drive. Tente procurar no diretório ou no dispositivo em que você armazenou o backup. Uma vez que obtive o caminho correto para o backup, o deja dup funcionou e restaurou meus arquivos para esses diretórios em 16.04 LTS.