Vou deixar isso aqui caso alguém mais tenha esse mesmo problema.
O problema surge porque o urxvt é lançado como um link simbólico ( update-alternatives
opera ao vincular simbolicamente seus binários em /etc/alternatives
).
Para contornar isso, acabei de criar um script de shell com apenas
#!/usr/bin/env bash
exec /usr/bin/urxvt $@
salve-o como um executável e defina a alternativa para esse script em vez de /usr/bin/urxvt
.
Verifique se o seu script é um executável