Eu tenho o mesmo problema quando conecto meu segundo monitor, não encontrei uma solução ainda, mas eu encontrei uma solução alternativa, existe um pacote chamado ARandR que ajuda. É no repositório do Ubuntu, então para instalá-lo você só precisa executar o seguinte comando:
sudo apt-get instalar arandr
Em seguida, execute-o usando:
arandr
Depois de executar o comando, ele abrirá uma janela na qual você poderá posicionar a tela do laptop para cima e para baixo e evitar que os ícones da área de trabalho sejam movidos para qualquer parte estendida. A desvantagem dessa solução alternativa é que, depois de desconectar o segundo monitor, os ícones da área de trabalho mudarão para a parte estendida da tela do laptop.