Hmm, eu não posso te responder completamente porque isso acontece. Mas posso dizer que você não está usando a pasta certa para o que está fazendo. Estas pastas são utilizadas pelos sistemas automaticamente, por ex. a pasta / media / é usada para montagens automáticas de CDROMs etc. Eu recomendo que você use apenas o seu / home / user / para tais coisas. Por exemplo. crie um / home / user / Multimedia que não seja alterado pelo sistema automaticamente.
Você pode ler a estrutura do Ubuntu aqui link