Execute o seguinte, aparentemente o gnome3 armazena a configuração em formato binário (eu não li no dconf o suficiente para saber onde ou por quê).
sudo apt-get install dconf-tools
Executar: dconf-editor
para editar a configuração.
Vá para: org.gnome.gnome-panel.layout
(é bastante intuitivo)
Os padrões parecem ser:
object-id-list ['menu-bar', 'indicators', 'show-desktop', 'window-list', 'workspace-switcher']
toplevel-id-list ['top-panel', 'bottom-panel']
Eu tive que descobrir isso depois que tive um problema estranho com o gnome enquanto tentava fazer meus 2 monitores funcionarem. Tudo (menus, linhas, relógio, etc.) parecia duplicar no painel após cada tentativa de reiniciar o servidor X. Eu deveria ter tirado uma screenshot, mas isso é essencialmente o que eu tinha antes de consertar:
object-id-list ['menu-bar', 'indicators', 'show-desktop', 'window-list', 'workspace-switcher', 'menu-bar-0', 'indicators-0', 'show-desktop-0', 'window-list-0', 'workspace-switcher-0', 'menu-bar-1', 'indicators-1', 'show-desktop-1', 'window-list-1', 'workspace-switcher-1']
toplevel-id-list ['top-panel', 'bottom-panel', 'top-panel-screen1', 'bottom-panel-screen1', 'top-panel-screen1-0', 'bottom-panel-screen1-0']
Como você pode ver, há 3 de tudo.