Se você não se importa com a consistência da GUI, os agentes polkit de diferentes ambientes de desktop poderão substituir uns aos outros.
Como você mencionou que o diálogo de posicionamento é sem modelo (não bloqueia o foco), você pode usá-lo.
-
Desabilite a inicialização automática do agente gnome renomeando o arquivo de inicialização automática.
sudo mv /etc/xdg/autostart/polkit-gnome-authentication-agent-1.desktop /etc/xdg/autostart/polkit-gnome-authentication-agent-1.desktop.disabled
-
Edite o mate one para iniciar automaticamente com a sessão do gnome também ao lado do mate.
~$ sudo nano /etc/xdg/autostart/polkit-mate-authentication-agent-1.desktop ... OnlyShowIn=MATE;GNOME; X-MATE-AutoRestart=true X-GNOME-AutoRestart=true