Eu estava recebendo o mesmo erro em um dos computadores da empresa.
Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2)
Eu também estava recebendo muito este erro quando tentei executar programas do X-windows através do ssh:
GConf Error: Failed to contact configuration server;
some possible causes are that you need to enable TCP/IP networking for ORBit,
or you have stale NFS locks due to a system crash
Acontece que eu tinha um sistema de arquivos raiz que estava completamente preenchido, sem espaço livre em disco, então meu sistema não pôde gravar muitos arquivos necessários. Eu estava recebendo todos os tipos de erros, relacionados a muitos programas diferentes. (Não foi possível fazer login através do GDM, o papel de parede do GDM ficou preto, erros no arquivo de bloqueio do gconf, etc ...)
Tudo o que fiz foi digitar este comando simples para eliminar mais de 400 MB de arquivos na partição raiz que não eram mais necessários.
sudo apt-get autoremove
Isso deu ao meu sistema de arquivos raiz o espaço para respirar necessário. Agora tudo corre bem. Acho que um diretório raiz de 10 GB não é suficiente para lidar com mais de dois anos de atualizações do Ubuntu.
Se alguém se importa, o sistema está executando o Ubuntu 10.04 desde que foi lançado. O sistema é atualizado pelo menos uma vez por semana. A data de hoje é de 9 a 6 de 2012, ou seja, quase 2 anos e meio de atualizações.