Encerrando a sessão do gnome
Os usuários podem fazer logoff da sessão gnome da seguinte forma no terminal
gnome-session-quit
Talvez seja necessária a opção --force
para suprimir a caixa de diálogo de confirmação que apareceria sem ela.
Ao contrário dos aplicativos executados a partir de um emulador de terminal X, finalizar uma sessão a partir de um TTY requer que você anexe a variável DISPLAY para indicar qual exibição X está executando a sessão. Por isso:
DISPLAY=:0 gnome-session-quit --force
Matando todos os processos de usuários
Você também pode matar todos os processos desse usuário. Não é uma solução perfeita, mas deve fazer o trabalho também.
sudo pkill -u nameOfUser