Então, parece que você pode ter uma versão do fluxgui em execução no WINE. Se não fosse muito perturbador, você poderia tentar desinstalar o WINE e ver se isso ajudou a se livrar do fluxgui. Então, quando a costa estiver limpa, você poderá reinstalar o WINE.
Os arquivos mais importantes que estou vendo do que você postou:
/home/katana/.config/autostart/fluxgui.desktop
# launcher for the binary
/home/katana/.wine/drive_c/users/katana/Local Settings/Application Data/FluxSoftware/Flux/flux.exe
# without the .exe the app cannot run
/usr/local/bin/fluxgui
# this is where Ubuntu looks to run your program. again the app cannot run without its binary.
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/fluxgui
# This is interesting. This tells me that fluxgui is a Python package.
# You could try using pip to uninstall:
# pip uninstall fluxgui
/usr/local/share/applications/fluxgui.desktop
# again, another launcher shortcut to the binary. remove this, and the app will be difficult to run.