Eu também tive problemas com minhas teclas fn com o Ubuntu 16.04. Consegui descobrir uma solução graças a essa resposta . Supondo que o seu problema é o mesmo que o meu, se você desativar o 'num lock', o teclado voltará a funcionar corretamente.
Se isso não funcionar para você, uma solução alternativa que costumava me ajudar era conectar e desconectar um teclado usb do meu laptop e o teclado do laptop voltaria ao normal. No entanto, uma vez que reiniciei o Ubuntu, tive que fazê-lo novamente.
Espero que isso ajude.