Os itens de menu não aparecem em Vídeos (aplicativo padrão que reproduz vídeos) e em Arquivos e muitos outros aplicativos. Isso aconteceu depois da reinicialização em 16.04 lts.
Quando eu passo o mouse, ele exibe os botões minimizar / maximizar / fechar.
PS. Devo esclarecer: os menus estão disponíveis para algumas outras aplicações, como VLC, Chrome, ...
Na verdade, parece-me que isso afeta apenas os aplicativos padrão que foram instalados inicialmente, e não os adicionados posteriormente (como vlc, chrome).
PS. Depois de uma reinicialização, tudo volta ao normal. :)