Depois de muita escavação, descobrimos que o driver da NVIDIA era responsável por tudo. O driver padrão da NVIDIA que vem com o Kubuntu 15.10 tem muitos bugs, especialmente com placas mais novas, como a GTX 960M.
A solução é adicionar este repo . Depois de instalar a versão mais recente (atualmente 364.12) e reiniciar todos os problemas desapareceram.