Você pode tentar a opção -trim do Imagemagick com -fuzz :
Por exemplo:
convert input.png -trim -fuzz 10% output.png
Você pode ajustar o valor -fuzz para cima ou para baixo até que esteja cortando o valor desejado. Estas são as informações sobre o valor -fuzz :
Por favor, deixe-me saber se esta resposta foi útil, ou se você tiver outras dúvidas ou precisar de esclarecimentos.