Essa pasta /home/.ecryptfs/username contém o conteúdo criptografado da sua home (nome de usuário), você deve conseguir ver o conteúdo descriptografado em / home / username ou apenas ~
(se ele estiver sendo descriptografado com sucesso quando você login).
Eu acho que executando du -sh ~
e du -sh /home/.ecryptfs/username/
devem mostrar tamanhos semelhantes.
A exclusão de arquivos na sua casa (montada) deve excluir os arquivos criptografados correspondentes em /home/.ecryptfs/username, para que você essencialmente liberte o dobro de espaço ao excluir arquivos em sua casa.