Você está recebendo duas camadas de criptografia.
O primeiro é o LUKS. Com o LUKS, toda a sua instalação (exceto / boot) será criptografada, incluindo o seu diretório pessoal.
O segundo é o ecrptfs e é usado para criptografar seu diretório pessoal.
Em geral, não há necessidade de usar os dois juntos, mas você pode, por exemplo, ter vários usuários e desejar manter os dados criptografados entre os usuários ou a partir do acesso root.
Quando você usa o LUKS, quando inicializa, os dados em / home serão descriptografados e, enquanto o sistema estiver em execução, os dados poderão ser lidos pelo root e por outros usuários.
Se você quiser, pode restringir o acesso aos dados em seu diretório pessoal, ajustando as permissões ou criptografando seu diretório pessoal também.
Se você criptografar seu diretório pessoal, seus dados pessoais permanecerão criptografados quando o sistema for inicializado e serão descriptografados somente quando você efetuar login.
HTH