O programa que você parece estar usando é chamado Unetbootin. Ele é usado apenas para criar um pendrive inicializável, que pode ser usado para instalar o Ubuntu. Eu acho que você pode ter tentado acidentalmente fazer da sua partição do Windows um stick Ubuntu inicializável. Você ainda pode inicializar o Windows e usá-lo como antes? Em caso afirmativo, use o Unetbootin para criar um pendrive inicializável, instale o Ubuntu novamente, remova o pendrive (!) E reinicie. Você deve ver um menu onde você pode escolher entre o Windows e o Ubuntu.
EDIT: Desculpe, eu não vi que o seu usb não funciona. Nesse caso, isso não ajudará você. Nenhuma de suas portas usb funciona? Eles não funcionam de todo ou apenas sob janelas?