O processo é bem fácil, em resumo você precisa modificar o arquivo de controle e pronto.
sudo alien -g package-name.rpm
cd package-dir/
sudo vi debian/control
Agora mude a arquitetura ( i386
no meu caso) para ser a que você precisa. Por exemplo,
Eu adicionei o amd64
archicture e é assim que a linha acabou:
Architecture: i386, amd64
Última etapa:
sudo debian/rules binary
Isso produzirá o arquivo .deb
.