Ok, bem, nada de novo desde que Gunnar Hjalmarsson postou em 14 de março.
A resposta tem duas partes:
1) quando abrir / salvar com um programa, o próprio programa escolhe como ele classifica os arquivos mostrados, potencialmente ignorando a escolha do tipo de classificação pelo usuário
2) LC_COLLATE está de alguma forma quebrado no Ubuntu 14.04.
Eu, o autor original, realmente não respondi nada. Eu só quero o fechamento. 1) foi respondido por @Serg 2) foi respondido por @Gunnar
Para aqueles que sabem mais do que eu, por favor, faça as edições apropriadas e dê os pontos onde eles pertencem. Obrigado.