Informações básicas sobre como configurar o LightDM: link
E a seguinte página explica como alterar o layout do teclado na tela de login (Lightdm GTK + Greeter) no Ubuntu MATE: link
Então, em Configurações do Lightdm GTK + Greeter > Painel você pode adicionar o indicador de layout de teclado pelo qual você pode alterar o layout de teclado padrão:
Além disso, adicione as seguintes linhas ao /etc/lightdm/lightdm.conf para definir o layout de teclado padrão (francês neste exemplo):
[Seat:*]
display-setup-script = setxkbmap -model pc105 -layout fr