Mesmo que isso seja baseado em opinião, eu definitivamente recomendo escolher a GPU NVIDIA. Não só por causa dos benchmarks de desempenho, o mais importante de tudo é o suporte de drivers para o sistema operacional. O Ubuntu sempre vem com os mais recentes drivers estáveis da ramificação de longa duração da NVIDIA. Além disso, os drivers oficiais mais recentes estão disponíveis no PPA dos drivers proprietários da GPU. Geralmente, o suporte a drivers NVIDIA é muito melhor do que o suporte a drivers da AMD. O processo de instalação funciona de maneira fácil e suave, quando tudo é feito corretamente.