A criação de um novo usuário foi uma maneira de resolver tudo. Primeiro criado novo usuário, em seguida, excluir usuário antigo (preservando arquivos, renomeado pasta de usuário antigo), em seguida, recriar o usuário antigo ... uid e gid foram automaticamente 1000 assim não há problemas aqui.
Ao personalizar a interface do sistema operacional, me deparei com o problema principal novamente, e embora eu não possa ter 100% de certeza e não possa mais reproduzi-lo, houve um estágio quando certas combinações de botões no gerenciador de configurações do Compiz (Expo, Desktop Wall. ..) causou a não ser capaz de obter o menu de contexto no gnome-panel. Desativei tudo o que não uso e excluí os atalhos / botões.