Eu poderia resolver esse problema alterando o back-end para TkAgg
. Basta ir ao seu arquivo .matplotlibrc
e alterar o back-end.
Normalmente, o arquivo é salvo no diretório inicial: ~/.matplotlibrc
Se não estiver lá, você pode tentar analisar:
/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/matplotlib/mpl-data/matplotlibrc
Aqui você precisa substituir a versão 3.4 do python pela sua.