você já tentou inicializar a partir de um disco de instalação, selecionando "try ubuntu" e copiando o arquivo, pois pode ser que o ubuntu esteja usando os problemas de arquivo / permissão
também pode ser que o Windows não tenha desmontado completamente a partição, pois ela está no modo de hibernação etc. (acho que o Windows 8+)
você também pode colocar o ext4 lá para o futuro