sudo apt-get autoclean
remova o arquivo sources.list e crie novas sources.list ...
sudo rm /etc/apt/sources.list
Em seguida, digite
sudo software-properties-gtk
Isto irá abrir o software-properties-gtk e um newsources.list será criado automaticamente.
Em seguida, altere o servidor para US ou para qualquer outro servidor de sua escolha. Você deve ativar os repositórios a partir do novo diálogo para criar novas sources.list.
Marque todas as caixas, clique em Reverter e, em seguida, clique em fechar.
Precisa restaurar repositórios padrão
sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade -y
(é uma boa prática fazer backup desse arquivo antes de instalar para recuperar se isso acontecer)
Agora instale qualquer coisa! Sugiro instalar o gdebi e baixar o arquivo deb do atom do seu site ... gdebi irá instalar o arquivo .deb do atom com alguma internet:)