A partir da sua descrição, você pode querer dar uma boa olhada no BTSync. Este é um aplicativo de sincronização p2p, mas usa somente armazenamento auto-hospedado.
No Linux, ele depende de um arquivo de configuração e de uma interface da Web, mas ainda assim é mais fácil seguir em frente do que uníssono.
Vantagens em relação ao uníssono:
- configuração fácil
- suporte strong para todos os sistemas operacionais
- Clientes móveis (acessem seus arquivos como uma nuvem, desde que qualquer um dos PCs esteja ligado)
- alternância perfeita da sincronização da LAN para a Internet
A principal desvantagem é que este é um software de código fechado do BitTorrent.
Se você quiser experimentá-lo, poderá encontrar mais informações sobre como perguntar aqui: Como rodar o BitTorrent Sync?