Eu não acho que haja uma maneira de impedir a notificação de atualização para pacotes específicos com facilidade, mas é possível definir intervalos de notificação diferentes para segurança e outras atualizações em software-properties-gtk
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Como as atualizações de codec (navegador) geralmente não são críticas, você deve ser capaz de atrasar a notificação sobre elas, para que elas sejam menos incômodas.