Não é possível escrever comentários para sua pergunta principal devido a pontos de reputação baixos. Eu queria lhe dizer que (ou pelo menos costumava ser) o Windows inicializa bem quando vê sua partição como "ativa".
Digamos que você esteja instalando o Windows: Primeiro, inicialize no disco e isso informará um erro sobre "sistema operacional ausente". Perfeito! Neste ponto, o disco / partição está marcado como Ativo. Agora você pode reiniciar e continuar instalando o Windows. O bootloader do Windows será instalado nesse disco.
O Linux não se importa. Você pode instalar seu bootloader em um disquete antigo, se desejar ...
Mas esta é provavelmente uma das causas do seu Windows ter dificuldades para inicializar quando outro disco é inserido.