Eu tenho este mesmo cenário em duas máquinas separadas A área de trabalho do plasma freqüentemente mostra notificações como esta:
An update is available for your system. There are 3 updated packages.
No entanto, quando eu faço qualquer um dos 3 itens a seguir, nenhuma atualização é encontrada
sudo apt-get update
Estou executando o 14.04 LTS, com o KDE.
Eu tentei sudo rm -rvf /var/lib/apt/lists/*
que é mencionado em vários dos posts que surgiram a partir desta questão, e leu muitos tentando descobrir como isso poderia acontecer.
Em algum lugar, as diferentes ferramentas, o gerenciador de notificações e os atualizadores devem usar listas diferentes nas quais eles verificam atualizações disponíveis.