O "noatime" é um atributo do sistema de arquivos extx, que pode ter um equivalente para o ntfs, mas provavelmente será chamado de algo diferente. O objetivo das otimizações de SSD é reduzir o número de gravações, e você certamente não quer forçar uma gravação a atualizar a hora em que você leu um arquivo, portanto, você desejaria essa otimização específica se ela existir para o ntfs. Aplique somente a otimização que faz sentido, ou seja, aquelas relacionadas ao sistema provavelmente não se aplicam, a menos que você queira alguma melhoria de desempenho em vez de uma melhoria da longevidade.
O bootloader do Windows - não posso dizer.
O Grub no SSD não escreve muito e certamente melhorará a velocidade de inicialização. Dito isto, se você quiser colocar o grub no HDD, você pode deixar o SSD intacto (supondo que você pode inicializar também). Algumas pessoas vêem isso como um benefício - remova o HDD e tenha um sistema Windows puro.