Skype.com diz:
Aviso importante: todos os clientes Skype for Linux versão 4.3 e mais antiga será desativado em 1º de julho de 2017. Para continuar conversando, instale o última versão do Skype para Linux.
Basta adicionar a fonte oficial skypeforlinux
e atualizar sua instalação atual com estes comandos:
sudo add-apt-repository "deb https://repo.skype.com/deb stable main"
sudo apt update && sudo apt upgrade
Como alternativa, remova-o com sudo apt remove skypeforlinux
e instale a versão atual em aqui . Isso também adicionará a fonte de atualizações às suas fontes, mantendo assim o programa atualizado automaticamente.
Ao atualizar para 17.10, o repositório do skype pode ser desativado para que você precise reativá-lo no Software Center ou editando /etc/apt/sources.list
(faça isso apenas se souber o que faz).