O shell provavelmente está consumindo uma das fugas:
$ echo sed "s/Magento\Module/MyCompany\Module/g"
sed s/Magento\Module/MyCompany\Module/g
Então, adicione um escape adicional ou cite a expressão inteira:
$ echo sed "s/Magento\\Module/MyCompany\\Module/g"
sed s/Magento\Module/MyCompany\Module/g
$ echo sed 's/Magento\Module/MyCompany\Module/g'
sed s/Magento\Module/MyCompany\Module/g
Teste:
$ echo 'every occurrence of "Magento\Module"' | sed 's/Magento\Module/MyCompany\Module/g'
every occurrence of "MyCompany\Module"