Eu envolvi o procedimento exato que você propõe sem incidentes.
Se bem me lembro, consegui fazer isso com a PNY, SanDisk e Cruzer.
No entanto, no processo de usar vários flashdrives USB para talvez uma dúzia de instalações, algumas das quais foram reinstaladas, eu encontrei performace misto de vários stick USB. Alguns deles foram retirados como inutilizáveis, mas quando eles queimaram a causa não foi tanto quanto pude verificar, relacionado ao uso misto.
Assim, enquanto é perfeitamente possível ir em frente e usar uma unidade flash para inicialização de sessão Live do Ubuntu E também para armazenamento de dados, há sempre a perspectiva de que você pode perder dados ou sobrescrever ou corromper um dos arquivos de inicialização ou arquivos de dados. Backup, backup e backup.Na minha prática, eu finalmente desmoronei e comecei a usar o Live DVD's para instalações, para que eu pudesse usar os flashdrives sem problemas. Uma vantagem adicional é que sempre sei exatamente qual ISO e qual gravação usei para a instalação. Está escrito ali mesmo no DVD que este ISO foi instalado naquele computador em tal e tal data. Com os USBs, é mais difícil controlar qual ISO foi instalado em qual computador, embora, é claro, ainda seja possível.
Informações adicionais que PODEM ser pertinentes a outras questões, caso você encontre problemas, seriam:
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marca e modelo dos flash drives específicos
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capacidade, especialmente porque os USB's mais antigos podem ser mais propensos a falhas, talvez
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a maneira pela qual o flashdrive é formatado, por exemplo. FAT32, NTFS, etc e talvez como foi formatado (formato rápido no windows vs. formato lento, formato via Ubuntu, etc.)
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se é USB 2.x ou USB 3.x
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se os "arquivos de dados" incluem arquivos executáveis ou arquivos linux
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se existem executáveis como o U3, que podem interferir, pois tentam se interpor entre as partições USB e o usuário
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se você permitiu ou não a reparação USB do Windows, o que IMVVHO pode ser desaconselhável que a MS é amplamente suspeita de injetar obstáculos avessos ao Linux em situações nas quais não há outra base clara
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qual processo de instalação você usa para criar o pendrive, por exemplo. UNetbootin, YUMI, etc.
Todas essas variáveis podem afetar seu resultado, e você pode querer tomar nota das observações de outros usuários que expressam melhor sorte com algumas marcas USB do que outras. As flashdrives USB têm um tempo de gravação limitado. Sujeito aos avisos de backup , sua resposta é sim, você certamente pode fazer isso.