As bolas de alcatrão são geralmente código-fonte que você deve compilar. Debs são programas pré-compilados, já construídos e configurados para o Ubuntu / Debian.
Eu sugiro strongmente usar debs quando disponíveis, pois eles são mais fáceis, e eles se integram ao gerenciador de pacotes, para que você possa desinstalá-los facilmente.
Debs também instalará as dependências necessárias. Instalar a partir da fonte pode levar ao que é carinhosamente chamado de "inferno da dependência". A maioria dos programas de código aberto depende de vários outros programas / bibliotecas para funcionar. Ao instalar a partir do código-fonte, ele não irá instalá-los e, em vez disso, (esperançosamente) reclamará que uma dependência não foi atendida. Você então tenta instalar essa dependência e, em seguida, explode, exigindo outra dependência, etc, etc.
A instalação a partir do código-fonte também pode colocar seus arquivos em locais inesperados, já que diferentes distribuições estabelecem as coisas um pouco diferentes.
Quando preciso instalar um programa, tento minhas opções nesta ordem:
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Procure no Centro de Software. Este é obviamente o mais fácil, embora o Centro de Software não seja completo e não esteja atualizado com as versões mais recentes.
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Tente encontrar um repositório que o forneça. Adicionar um repositório fará com que o programa apareça no Centro de Software, receba atualizações oportunas, etc.
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Procure um pacote .deb.
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Instalar da origem (bola de alcatrão).