Isso porque você usou caminhos relativos em seu script:
duplicity ../learningbash file://../../../media/kingston
Isso está funcionando no terminal porque você estava no diretório correto onde deveria estar para interpretar os caminhos relativos corretamente.
cron
de um usuário individual define o diretório pessoal do usuário como PWD
.
Para resolver o problema, use o caminho absoluto, por exemplo:
duplicity /bar/learningbash file:///foo/bar/media/kingston