Você provavelmente está executando o gnome-panel. Verifique com:
ps -ef | grep panel
e você pode ver o ID do processo na segunda coluna. Por exemplo, um painel em execução para mim mostra como:
john 2324 2191 0 07:09 ? 00:01:11 /usr/lib/unity/unity-panel-service
john 15587 15557 0 14:18 pts/25 00:00:00 gnome-panel
john 15607 15557 0 14:20 pts/25 00:00:00 grep panel
Você desejará manter o serviço de painel da unidade. Mate o painel do gnome usando seu PID. Para mim, vai embora com:
kill -9 15587
Onde o -9 força o kill, mas talvez não seja necessário para este caso.