Esta pode não ser uma solução universalmente aplicável, mas acontece que o caso estava dobrando a linha de energia para aquele compartimento de disco, e o novo SSD gostava de menos do que o disco giratório. Com o tempo, o poder se soltaria nesse disco, causando falhas de gravação no uso e corrompendo tudo. O antigo disco giratório foi mais resistente a isso, por qualquer motivo.
Eu só notei esse problema quando corri o computador com a tampa do gabinete por 6 meses e não tive erros. Fiz várias avaliações de monitoramento de diagnóstico SMART para temperatura, tensão, etc, e descobri essa falha intermitente.
A solução foi alterar o arranjo dos discos no gabinete e usar um cabo de alimentação em ângulo reto no cabo de alimentação de disco mais alto.
Espero que ajude alguém.