Acredito que uma solução é apenas aumentar o valor APT :: Cache-Limit no /etc/apt/apt.conf.d/70debconf, para fazer isso use:
sudo gedit /etc/apt/apt.conf.d/70debconf
e adicione o seguinte ao final do arquivo:
APT::Cache-Limit "100000000";
.. e, em seguida, execute:
sudo apt-get clean
sudo apt-get update --fix-missing